Dun Albert Buhagiar ġie ordnat saċerdot fit-2 ta’ Lulju, 1993. L-ewwel ħidma pastorali tiegħu kienet fil-parroċċa tal-Gżira bħala viċi-Kappillan. Sentejn wara nħatar viċi-Arċipriet fil-parroċċa taż-Żejtun u fl-1996 inħatar segretarju personali tal-Arċisqof Ġużeppi Mercieca. Fl-istess żmien, huwa wettaq ukoll ħidma pastorali fil-parroċċi ta’ Marsaskala u Ħal Luqa. Fil-2002 inħatar Arċipriet tal-parroċċa ta’ San Nikola, is-Siġġiewi, u fl-2012 inħatar Arċipriet tal-parroċċa ta’ Marija Mtellgħa s-Sema, il-Mosta. L-Arċisqof Charles J. Scicluna innominah Rettur tas-Seminarju f’Settembru 2016.